24 июля 1993 г. Пружанским районным исполнительным комитетом был подписан Приказ о создании районного краеведческого музея. Первоначально музей размещался в здании библиотеки, которой на данный момент нет, и состоял из экспонатов, собранных областным краеведческим клубом «Спадчына». Первым директором музея стал Иосиф Станиславович Машкало, главным хранителем — Елена Сергеевна Петрань. В 1998 г. руководителем был назначен создатель музея боевой и трудовой славы при сельскохозяйственном техникуме Михаил Аркадьевич Шульман.

В 1998 г. музей переехал в здание палацика, в 1999 г. открылась первая выставка. В то время директором музея был Юрий Васильевич Ковшило. Более 10 лет работала главным хранителем фондов Раиса Владимировна Зинчук.

В 2000 г., согласно новой научно-художественной концепции, краеведческий музей получил название музей-усадьба «Пружанскі палацык». В 2003 г., благодаря гранту Президентского фонда поддержки культуры, в палацике открылась первая экспозиция. В 2016 г. музей стал Государственным учреждением культуры «Музей-усадьба Пружанский палацик».

В 2001 — 2020 гг. музей возглавлял Юрий Сергеевич Зелевич. Долгое время главным хранителем фондов работала Наталия Сергеевна Прокопович.

Сегодня директором музея является Ангелина Юрьевна Маруфенко, главным хранителем фондов — Марина Викторовна Ковтунюк.